上田正昭根据《续日本纪》中对桓武天皇(日本第50代天皇)的生母是百济武宁王子孙的记录,主张日本天皇是百济的后裔。这在日本引发巨大争议,他被右翼分子威胁说“卖国贼滚出日本”。然而他并未屈服,主张“日本开国神话也受到了檀君神话的影响。”他还倡导将称呼从韩半岛来日本的人为“归化人”的用语改为意为“渡海而来”的“渡来人”,并在学术界固定下来。他曾担任大阪女子大学(现在的大阪府立大学)校长。还因帮助消除对在日朝鲜人的歧视,2009年被韩国政府授予勋章(修交勋章崇礼章)。
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